企业长期零申报的风险尽管零申报在某些情况下是合法的，但长期零申报却可能给企业带来一系列风险：

被纳入重点监控范围：公司没有业务时可以零申报，但即使是新注册的公司也不能一直操作零申报。企业进行零申报说明其在该纳税期间没有营业收入，如果公司连续三个月或者是在一年之内有六个月都进行零申报的，这种情况属于异常申报，会被列入重点关注。

罚款和滞纳金：如果税务机关发现企业存在隐瞒经营收入的不当行为，会要求企业补缴以往应缴纳的税款以及滞纳金，还会对企业进行罚款。

发票减量：对于长期零申报且持有发票的纳税人，税务机关可能会降低该企业发票的版本和数量。另外，长期零申报可能导致企业信用评级降低。