公司在申请注销过程中，税务机关会确认公司是否按照相关规定完成企业所有税务的申报与税款缴纳义务，审查公司的账簿、凭证、财务报表等，并核实公司是否存在未申报的收入、未缴纳的税款或者是其他税务相关的违规行为，如果发现了公司存在违规的税务行为，需要在注销前进行处理。

对于在清算过程中出现亏损的企业，根据实际情况办理税务清算，并按要求提供清算报告。一些特定的企业在注销时可以享受优惠政策，减免部分税款或是可进行退税处理。如果公司在注销前未结清税款、滞纳金和罚款等费用，将会面临法律风险。