企业在进行零申报时，需要按照以下流程进行操作：

（1）填写零申报表，并加盖公章；

（2）将填好的零申报表提交给主管税务机关；

（3）等待税务机关审核并出具零申报证明。

零申报虽然不产生实际的税款，但是可以避免因未及时申报而导致的罚款和滞纳金等不必要的损失。同时，零申报也是一种合规经营的表现，有助于提高企业的信誉度和形象。