分公司进行纳税有两种方式：一是向所在地的税务机关独立申报纳税；二是合并汇总到总公司集中缴纳。

对于分公司等分支机构，只要符合独立核算的条件，应单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。计税时，分公司和总公司应分别适用所在经营地的适用税率。