企业在申请备案前应先决定具体要经营哪些类目，企业需要明确第二类医疗器械的经营范围。这包括确定所要经营的医疗器械的具体种类、品牌型号及用途等详细信息。

企业将准备好的资料提交至所在地的食品药品监督管理部门或市场监督管理局。企业按照经营类型填写备案表，并按照要求签字、盖章。

提交材料后，相关部门会对企业提交的资料进行核对和审查。若申请材料符合规定且没有遗漏的，监管部门将接受备案资料。部分地区可能还需要进行现场审查，以核实企业的实际情况和经营条件。

企业资料在通过审查后，相关部门发放二类经营备案凭证。