公司税务异常的原因有：

1、公司税务逾期，导致公司被列为非正常户。

2、受关联公司的影响，例如同一法人的其他公司已经出现异常了。

3、有收入却长期零申报，超过六个月零报税容易异常。

4、失联走逃或风险纳税人。