食品经营许可证的办理程序比预包装食品的要繁琐一些，需要提供营业执照、生产工艺流程图、设备清单、场所位置图等等。提交申请后，相关部门按照规定对企业的生产经营环境进行审核，确保申请资料与实际的环境、设备等符合相关规定。

另外，如果企业已经办理并取得食品经营许可证的，那么就只用办好这个证件即可，不需要再去对预包装食品办理经营备案。