公司申请二类医疗备案成功后，企业需要在备案证书内标明要经营的器械类型、品种、规格等信息，并自行建立相应的档案。同时，需要及时更新备案证书，若企业的经营范围、地点、名称等发生变化时，需进行备案变更处理。