注册个体工商户的风险主要来自于经营者的个人财产和家庭财产的连带责任。如果个体工商户的资产不足以承担债务或赔偿责任，经营者可能需要用个人财产进行赔偿。

注册公司的风险主要来自于公司的资不抵债和破产等问题。在公司清算时，股东的出资将优先用于偿还债务和支付员工工资等费用。如果公司的资产不足以偿还债务，股东需要承担有限责任，即仅需承担其出资范围内的债务和赔偿责任。