股东变更时，需要缴纳的税款主要有以下几种：

印花税。这是股权转让时必须缴纳的税种，按照转让价格的0.05%来缴纳，符合条件的可以享受减半征收政策。

个人所得税。如果转让方是自然人股东，需要按照“财产转让所得”缴纳个人所得税，税率为20%。

企业所得税。如果转让方是法人股东，需要缴纳企业所得税，税率通常为25%，但符合条件的企业可以享受相关优惠。