新企业申请发票的流程主要包括以下步骤：

登录企业所在地的电子税务局网站，选择“票种核定”选项。

在发票申请信息页面，选择需要的发票类型，并根据需要填写相关信息。

提交申请后，通常在三个工作日内完成审核。如果审核通过，企业可以登录手机税税通领取发票。