企业在进行年度汇算清缴操作前，应做准备的工作包括统计企业全年度收入、纳税、抵扣等信息，并与税务机关的纳税信息进行核对。

针对纳税人类型，填写对应的申报表，并注明所得税预缴等信息。随后将申报表、证明材料等资料提交给税务机关。

在完成税务机关对企业税务信息的审核之后，企业确定全年应纳所得税额以及应补、应退税额，按照相关规定缴纳所得税。企业可以选择电子缴款或线下缴款方式。