如果总公司与分公司分别计算企业所得税，应按照以下方法进行计算：

1、总公司与分公司，应当分别以其营业收入和扣除限额为依据，计算应纳税所得额。

2、总分公司分别计算企业所得税时，应当将总分公司之间的交易、成本、费用等相互抵销，避免重复纳税。

3、总分公司分别计算企业所得税时，按规定计算各项税金及附加，包括增值税、消费税、城市维护建设税、教育费附加等，并缴纳税款。