1、影响信用等级。非正常原因一个评价年度内增值税或营业税连续3个月或者累计6个月零申报、负申报的，不能评为A级。

2、发票减量。如果企业长期零申报且持有发票，则发票将被税务机关降版降量，还需定期到税务机关进行发票核查。

3、营业执照可能被吊销。长期零申报，公司的电子税务局将会被锁定，严重的会被纳入税务系统黑名单，面临着吊销执照的风险。