二类医疗器械备案办理流程：

1、申请：申请人需备齐资料后，向当地市场监督管理局提出申请。所需资料如备案申请表、营业执照、相关负责人身份证明、经营方式说明等等。

2、受理：主管部门对提交的材料进行核对、登记，作出受理或不予受理决定。

3、审核：受理后，主管部门对申报单位和材料进行审查及现场核查，作出通过或不予通过决定。

4、颁证：审查通过后，主管部门对符合规定的单位准予许可并颁发备案凭证。