如果企业的出口退税申请被拒绝，企业可以进行申诉。一般来说，企业需要在收到税务机关的通知后15日内提出申诉。企业可以根据税务机关的通知，提出书面申诉，并提交相关证明材料。在申诉过程中，企业需要详细说明自己的申请情况，提供充分的证据材料，以便税务机关重新审查。