申请二类医疗器械备案凭证，首先是登录申请系统网站，可以查看所有的办理事项，用公司账号或者法人账号登录即可，然后按照页面填报企业的相关信息，需要哪些资料上传电子文件即可。

在系统上只是进行一个登记备案，等待办理机关人员审核后 会在五个工作日之内给予答复。企业在得到准予的通知后，就可直接到现场提交申请办理的资料。申请人将全部资料都提交上去后，可以在药监局的办事平台查看自己的办理进度。